Program studi Manajemen Pendidikan Islam (MPI) adalah salah satu Prodi yang berada di Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan Universitas Islam Negeri (UIN) Maulana Malik Ibrahim Malang. Secara struktural, Program Studi Manajemen Pendidikan Islam (MPI) berada di bawah struktur Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan (FITK). Semua tugas dan fungsi program studi ditangani dan dipimpin langsung oleh seorang Ketua Program studi yang dibantu oleh seorang Sekretaris Program Studi dan 2 orang staf. Pengangkatan Ketua dan Sekretaris Program Studi melalui mekanisme pemilihan oleh anggota Senat Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan (FITK) sesuai aturan yang tercantum dalam Kepmenag RI Nomor 137 Tahun 2008 tentang Statuta Universitas Islam Negeri Malang, bagian ke delapan pasal 106 ayat (2) tentang tata cara pengangkatan Ketua Jurusan, Sekretaris Jurusan dan Ketua Program Studi. Dalam mekanisme tersebut dijelaskan salah satunya adalah bahwa Dekan menyampaikan nama calon masing-masing 2 orang telah memenuhi syarat. Untuk memenuhi syarat tersebut tentunya harus melalui berbagai penilaian sehingga sang calon dianggap kredibel dan pantas untuk diangkat menjadi seorang Ketua atau Sekretaris Program Studi. Syarat yang telah ditetapkan tersebut menjadi landasan bagi Dekan Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan (FITK) dalam mengusulkan nama-nama calon ketua/sekretaris program studi hingga terpilih dan menduduki jabatannya.

Pembukaan Program Studi MPI ini pada hakikatnya bukan termasuk program studi baru karena Program Studi MPI ini sudah pernah dibuka pada tahun 1995 di bawah Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Ampel Surabaya di Malang dengan nama Jurusan/Program Studi Kependidikan Islam (KI). Program Studi KI telah menerima 2 angkatan mahasiswa yaitu pada tahun akademik 1995/1996 sebanyak 37 orang dan tahun akademik 1996/1997 sebanyak 45 orang. Dengan demikian jumlah mahasiswa Program Studi KI dua angkatan sebanyak 82 mahasiswa, namun sesuai hasil pelacakan data di BAK baru mendapatkan 69 transkrip nilai dari 82 mahasiswa yang terdaftar. Program Studi KI waktu itu diorientasikan dapat melahirkan para pemikir pendidikan Islam dan kepala sekolah/madrasah yang profesional. Namun dalam kenyataannya kurikulum Program Studi KI waktu itu tidak jelas arahnya, untuk menjadi pemikir pendidikan Islam mata kuliah kefilsafatannya kurang, untuk melahirkan kepala sekolah/madrasah mata kuliah manajemen dan kepemimpinan juga sedikit. Secara umum mata kuliah Program Studi KI waktu itu tidak jauh berbeda dengan mata kuliah Program Studi PAI hanya perbedaannya jumlah mata kuliah tentang psikologi dan bimbingan konseling lebih banyak sekitar 10 SKS. Ketidakjelasan dari sisi kurikulum dan orientasi lulusan tersebut menyebabkan Program Studi KI waktu itu dianggap tidak memiliki orientasi keilmuan yang jelas dan tumpang tindih dalam lapangan pekerjaan dengan Jurusan PAI. 

Maka atas berbagai pertimbangan Pimpinan STAIN Malang pada waktu itu menutup Jurusan KI terhitung sejak tahun akademik 1997/1998. Dengan dasar Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia No 36 Tahun 2009 tanggal 19 November 2009 tentang Penetapan dan Pembidangan Ilmu dan Gelar Akademik di Lingkungan Perguruan Tinggi Agama serta SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam No. 1429 Tahun 2012 tanggal 31 Agustus 2012 tentang Penataan Program Studi di Perguruan Tinggi Agama Islam maka Jurusan KI diganti dengan Jurusan/ Program Studi Manajemen Pendidikan Islam (MPI). Berdasarkan PMA 36 dan SK Dirjen Pendis tersebut maka Pimpinan UIN Maulana Malik Ibrahim Malang memutuskan untuk membuka kembali Program Studi KI dengan nama Jurusan/Program Studi Manajemen Pendidikan Islam (MPI) di bawah Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan UIN Maliki Malang dengan Nomor SK Pendirian dan SK Izin Operasional: SK Dirjen Pendidikan Islam Nomor 1463 Tahun 2014 tertanggal 13 Maret 2014, serta bulan dan tahun dimulainya penyelenggaraan Program Studi pada tanggal 22 Juli 2014.